Det går att pastörisera eller mikrofiltrera kombucha för att bli av med bakterierna och jästen och därmed behöver den inte längre förvaras i kylskåp. Gör man detta så förlorar man alla de goda hälsofördelar som denna levande kultur för med sig. Riktig kombucha är därför opastöriserad.

Kombucha innehåller levande bakterier och jäst, det innebär att den fortsätter att jäsa på flaskan, det är så kolsyran bildas. Genom att förvara kombuchan i kylskåp så avstannar jäsningen och drycken håller sig länge. Låter man jäsningen fortgå så kan kombuchan börja smaka jäst, den kan skumma över när man öppnar flaskan och den kan bli mer sur.

I Sverige finns inga rekommendationer om detta då livsmedelsverket inte tycker att det finns nog med data på området. I USA är det dock rekommenderat att avstå kombucha under graviditeten då det innehåller levande bakterier och det i en opastöriserad dryck inte går att garantera till hundra procent vilka sorters bakterier det finns i drycken.